Il monastero di Santo Spirito, con la sua grandiosa mole, domina la parte orientale della città. Esso è senza dubbio il più noto fra tutti i monumenti medievali rimasti ad Agrigento. L'ingresso del monastero, denominato dagli agrigentini "Bataranni" proprio per le grandi dimensioni e per la grande fama che ebbe, è posto a destra della chiesa di Santo Spirito. Attraverso un portale, per mezzo di un corridoio, si accede in un ampio cortile dove, oltre al giardino, si può ammirare la suggestiva facciata occidentale con le sue monofore di semplice struttura e bifore divise da esili colonnine. L'alternanza di pietra calcarea e di arenaria agrigentina ha creato un meraviglioso effetto di bicromia (motivo sempre presente nell'architettura siciliana a partire dall'epoca normanna). L'insieme del monastero si articola su due piani. Il piano terreno comprende, a sinistra, la cappella, nel cui interno vi sono strutture trecentesche ed un arco chiaramontano, l'Aula Capitolare, alla quale si accede da uno splendido portale fiancheggiato da due ampie finestre bifore, i cui archivolti  sono ornati a rilievo da un motivo a linee spezzate, mentre la colonnina centrale è ornata da un fogliame a rilievo, ed infine il grande Refettorio, il cui ambiente, molto semplice, presenta un soffitto sostenuto da archi poggianti su peducci inseriti nello spessore del muro. Al primo piano si accede dal grande portale situato quasi al centro della facciata. Una scala interna porta direttamente al Dormitorio con accanto ambienti destitati all'Abadessa e alla Priora. All'interno del Dormitorio si notano un soffitto di legno sorretto da archi a sesto acuto del seicento e una serie di nicchie destinate a ripostigli o a cappellette singole. Nella parte nord del dormitorio sono visibili affreschi medievali che ricordano quelli dello Steri Chiaramontano di Palermo.

Il monastero fu ceduto, nel 1916, dallo Stato al Comune con l'obbligo di destinarlo a sede di istituzione, per tutelarne la conservazione. Oggi il monastero è sede dei Musei civici e nei suoi locali è possibile ammirare un presepe di fattura artigianale, riproducente il centro storico con oggetti e mestieri in uso circa un secolo fa, una mostra di abiti folkloristici donati ala nostra città dai paesi ospiti durante le varie edizioni della Sagra del Mandorlo in Fiore, una mostra etnografica di notevole interesse culturale, una mostra di coleotteri provenienti da tutto il mondo, un Crocifisso ligneo, un Crocifisso marmoreo e delle ceramiche di cultura araba del periodo medievale.